作者：范嘉晨
单位：东南大学（江苏省分子影像与功能影像重点实验室）
一.本手册介绍
二.相关软件
1.1 下面讲一下MRIConvert使用方法，MRIcron类似，首先点击Input下Add files或者Add folders，添加文件或文件夹；也可以在DICOM series toconvert 右侧直接点击Add files或者Addfolders。在Output下选择Directory选择保存目录即保存位置，options可以设置保存文件的许多属性（比如名字）；也可以不点击Output,直接在首页点击Options或Directory。注意两白色框之间的文件格式选择（比如勾选FSL NifTI），最后点击Convert all（或者Convert-Convert All）。
1.2 下面讲一下MRIcron的用法，官网下载mricron，解压后双击里面的dcm2niigui.exe，打开其图形界面。可以通过File下不同转换方式（如DICOM to NIfTI）添加目标文件，Help下Preference可以选择输出文件的属性（如命名），Output Format可以选择输出文件的格式。当然也可以在linux的终端使用dcm2nii的命令来转换图像，具体命令如下：
2. 统计参数图SPM
SPM是伦敦大学学院基于MATLAB开发的功能磁共振成像分析软件包（当然其也可以处理PET，EEG等），可以从官网免费下载，但是要注意必须在MATLAB中设置路径里添加SPM这个软件的文件夹，然后在MATLAB里输入spm（小写），点击fMRI后才能打开SPM这个软件。
3. 可视化工具xjview
官网下载此软件后，同样需加入MATLAB设置路径（set path）里，终端输入xjview即可打开。
4. 基于体素的形态学分析包VBM
此软件可以用来分析大脑结构相（灰质、白质、脑脊液），官网下载此软件后，需将其复制到SPM文件夹下toolbox中，随SPM添加到MATLAB的设置路径里。此时在SPM8界面中Toolbox下拉即可出现VBM选项。注意VBM版本必须与SPM版本一致才能兼容。
5. FSL
6. FreeSurfer
7. 主要fMRI分析软件包
8. 处理流程概述
三.图像格式
1. DICOM
DICOM保留着在标头中最大数量的元数据，包括扫描仪和图像采集的基本信息及被试的相关信息。虽然DICOM时MRI扫描仪输出数据的标准格式，但在数据分析之前，我们通常需要把DICOM转换为其他格式。主要原因是，DICOM数据集是很难处理的，因为每个部分被存储为一个单独的文件。这可能会很快产生大量的阻碍文件系统运行和减慢分析速度的小文件。
Analyze将每个数据集存储在一组两个文件里。一个扩展名为.img的数据文件，包含了图像的二进制数据。另一个扩展名为.hdr的头文件，包含了图像的元数据。其主要的缺陷是头文件中仅有相当有限的图像元数据。
NIfTI格式其中一个最重要的特点是它可以呈现三维像素指数和MRI扫描仪的空间位置关系。如果使用得当，这有助于确保人们总是可以准确地确定方向（如确定是神经学方向还是放射学方向）。NIfTI图像标准的文件扩展名是.nii，其中包括标题和图像数据。它也可以利用单独的图像（.img）和头文件（.hdr）代表NIfTI图像。单个文件.nii格式的一个方便的特点是文件可以被标准的压缩软件（如gzip）压缩，并且一些软件包如FSL可以直接读写压缩的nii文件（扩展名为.nii.gz）。
